Trinta anos atrás, alienígenas chegaram à Terra em busca de refúgio, pois seu planeta estava morrendo. Desde então, eles passaram a viver separados dos humanos numa área chamada "Distrito 9", na África do Sul, comandados pela multinacional United, que não se importa com o bem-estar dos alienígenas, mas que está disposta a tudo para dominar a tecnologia que eles possuem. Quando um agente governamental contrai um vírus que altera seu DNA, o "Distrito 9" passa a ser o único lugar em que ele pode se esconder.
